Ba dự án bị thanh tra gồm: Dự án Hệ thống cấp nước thị trấn Mường Ảng và Trung tâm huyện Nậm Pồ (giai đoạn 2), tổng mức đầu tư 57 tỷ đồng; Dự án Xây dựng hệ thống cấp nước bổ sung Nhà máy nước huyện Tủa Chùa, tổng mức đầu tư 14,5 tỷ đồng; Dự án Sửa chữa, nâng cấp Trường Tiểu học Hà Nội – Điện Biên Phủ (TP. Điện Biên Phủ), tổng mức đầu tư 70 tỷ đồng.
Theo kết luận thanh tra, tại một số gói thầu, hồ sơ mời thầu còn sai sót về thông tin nhãn hiệu, xuất xứ thiết bị, vi phạm quy định của Luật Đấu thầu. Ngoài ra còn một số yêu cầu chưa bảo đảm như: thiếu báo cáo tài chính năm gần nhất, thiếu bản chụp chứng chỉ hành nghề và chứng chỉ đào tạo đấu thầu của tổ chuyên gia.
Tại gói thầu thuộc Dự án Xây dựng hệ thống cấp nước bổ sung Nhà máy nước huyện Tủa Chùa, đơn vị thực hiện không lập biên bản đối chiếu hồ sơ dự thầu điện tử trong quá trình thương thảo hợp đồng.
Đáng chú ý, tại gói thầu số 1 thuộc Dự án Sửa chữa, nâng cấp Trường Tiểu học Hà Nội – Điện Biên Phủ, đơn vị mời thầu chưa yêu cầu nhà thầu điều chỉnh bảo đảm thực hiện hợp đồng sau khi có điều chỉnh tăng giá trị và thời hạn thi công.
Tổng số tiền sai phạm được xác định là hơn 505 triệu đồng. Trong đó, khoảng 500 triệu đồng liên quan đến việc nghiệm thu, thanh toán không đúng thực tế; hơn 5 triệu đồng phát sinh do áp dụng sai mức thuế giá trị gia tăng tại gói thầu kiểm toán độc lập.