Viện KSND Tối cao cho rằng cần làm rõ hành vi sai phạm có dấu hiệu thiếu trách nhiệm của ông Nguyễn Việt Hùng (cựu Phó Cục trưởng Cục Quản lý Dược - Bộ Y tế) trong việc kiểm tra Công ty Cửu Long giữ lại số tiền hơn 3,8 triệu USD mà không báo cáo Bộ Y tế. Thời gian thực hiện việc điều tra bổ sung được chỉ định không quá 2 tháng.
Trước đó, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã ban hành kết luận điều tra, đề nghị truy tố 8 bị can trong vụ án Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng, Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ, xảy ra tại Bộ Y tế, Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long và các đơn vị liên quan.
Theo đó, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đề nghị truy tố bị can Cao Minh Quang (nguyên Thứ trưởng Bộ Y tế); Dương Huy Liệu (nguyên Vụ trưởng Vụ Kế hoạch tài chính Bộ Y tế); Nguyễn Nam Liên (nguyên Vụ trưởng Vụ Kế hoạch tài chính Bộ Y tế) và Phạm Thị Minh Nga (chuyên viên Vụ kế hoạch Tài Chính, nguyên Uỷ viên kiêm Kế toán trưởng Ban quản lý thực hiện kế hoạch phóng chống dịch cúm A (H5N1)- Bộ Y tế) cùng về tội Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng.
Cùng với đó, cơ quan điều tra còn đề nghị truy tố đối với 3 bị can gồm: Lương Văn Hoá (nguyên Tổng Giám đốc Công ty Dược Cửu Long); Nguyễn Thanh Tòng (nguyên Phó Tổng giám đốc Công ty Dược Cửu Long) và Ngô Hữu Hiếu Nghĩa (nguyên Giám đốc Chi nhánh tại TP. Hồ Chí Minh, kiêm Giám đốc Xuất Nhập khẩu Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long).
Ở một diễn biến khác của vụ án, trước đó, Cơ quan CSĐT Bộ Công an cho biết đơn vị này vừa có văn bản đề nghị rà soát và tạm ngừng các giao dịch liên quan đến các tài khoản, sổ tiết kiệm, nhà đất của bị can Cao Minh Quang.
Theo đó, Văn bản của Cơ quan CSĐT Bộ Công an gửi Ngân hàng Nhà nước, Văn phòng đăng ký đất đai TP. Hà Nội, TP. Hồ Chí Minh, đề nghị rà soát và tạm ngừng các giao dịch liên quan đến các tài khoản, sổ tiết kiệm, nhà đất của bị can Cao Minh Quang, Dương Huy Liệu.
Theo nội dung kết luận điều tra, năm 2005, trước tình dịch diễn biến phức tạp của dịch cúm H5N1, Bộ Y tế đã báo cáo Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định phê duyệt kế hoạch dự trữ thuốc Tamiflu và sản xuất thuốc Oseltamivir phòng, chống cúm H5N1 tại Việt Nam.
Thủ tướng Chính phủ giao cho Bộ Y tế triển khai việc mua, sản xuất dự trữ thuốc, phối hợp với Bộ Tài chính thẩm định, phê duyệt giá sản xuất trong nước để mua theo kế hoạch.
Thực hiện kế hoạch tự sản xuất thuốc theo phê duyệt của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Y tế đã thành lập Hội đồng thẩm định cơ sở do Cao Minh Quang làm Chủ tịch Hội đồng để thẩm định, lựa chọn các doanh nghiệp tham gia sản xuất thuốc Oseltamivir. Căn cứ kết quả thẩm định, Bộ Y tế đã phê duyệt, lựa chọn 4 doanh nghiệp, trong đó có Công ty Dược Cửu Long do Lương Văn Hoá, Tổng giám đốc tham gia kế hoạt sản xuất thuốc Oseltamivir.
Cuối năm 2005, Bộ Y tế quyết định thành lập ban quản lý thực hiện kế hoạch phòng chống dịch cúm H5N1, do ông Nguyễn Minh Tuấn (Phó vụ trưởng Vụ trang thiết bị và Công trình y tế) làm trưởng ban; Nguyễn Nam Liên làm Phó ban; Phạm Thị Minh Nga làm uỷ viên kiêm Kế toán trưởng.
Đầu năm 2006, tình hình dịch cúm H5N1 được khống chế, Bộ Y tế đã báo cáo đề xuất, được Thủ tướng Chính phủ đồng ý điều chỉnh giảm cơ số thuốc Oseltamivir dự trữ. Tháng 1/2006, Bộ Y tế quyết định giao cho 4 doanh nghiệp sản xuất 20 triệu viên nang Oseltamivir, trong đó Công ty Dược Cửu Long sản xuất 5 triệu viên.
Thực hiện nhiệm vụ phân công của Bộ Trưởng Bộ Y tế, Dương Huy Liệu; Nguyễn Nam Liên và Phạm Thị Minh Nga đã trực tiếp soạn thảo hợp đồng, thống nhất dự thảo hợp đồng với Công ty Dược Cửu Long. Sau đó, Dương Huy Liệu cùng với Nguyễn Nam Liên đại diện cho Bộ Y tế ký hợp đồng kinh tế đặt hàng Công ty Dược Cửu Long sản xuất 5 triệu viên Oseltamivir, đơn giá gần 28 ngàn đồng/viên, tổng giá trị gần 146 tỉ đồng.
Đầu năm 2007, để thanh quyết toán kinh phí phòng chống dịch, Nguyễn Nam Liên tiếp tục giao cho Phạm Thị Minh Nga rà soát, đối chiếu để thanh lý hợp đồng với các công ty sản xuất. Tuy nhiên, cả 3 bị can nêu trên đã không rà soát, đánh giá việc thực hiện điều khoản đàm phán hợp đồng giảm giá trong hợp đồng, không phát hiện Công ty Dược Cửu Long đã được giảm giá hơn 3,8 triệu USD.
Tháng 5/2008 thực hiện ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng chính Phủ và Bộ Tài chính, thay mặt Bộ Y tế, ông Cao Minh Quang đã quyết định thành lập đoàn kiểm tra liên ngành để kiểm tra tình hình mua, bảo quản sử dụng thuốc Tamiflu, nguyên liệu Oseltamivir.
Sau khi kiểm tra, Đoàn Kiểm tra xác định Công ty Dược Cửu Long chưa thanh toán 3,8 triệu USD còn lại cho nhà cung cấp nguyên liệu. Trên cơ sở đó, ông Cao Minh Quang ký duyệt kết quả kiểm tra, dự thảo báo cáo Thủ tướng đã không kiến nghị tiếp tục kiểm tra số tiền 3,8 triệu USD Công ty Dược Cửu Long giữ lại và Cao Minh Quang cũng không có ý kiến chỉ đạo kiểm tra, làm rõ.