Trong thời gian giữ chức vụ Chủ tịch UBND xã Thanh Thủy, huyện Lệ Thủy (Quảng Bình), nhiệm kỳ 2011-2016, quá trình thực hiện dự án di, giãn dân để phát triển kinh tế vùng cát, ông Xuy đã chỉ đạo, xét cấp đất cho các hộ dân không đúng đối tượng.
Một số đơn đăng ký được hợp thức hóa, một số đơn cha, mẹ viết thay cho con, biên bản tạm giao đất thổ cư không đầy đủ các hộ (31 hộ/50 hộ), không có sơ đồ giao đất, Hội đồng giao đất không ký mà chỉ có hộ gia đình nhận đất ký, biên bản không ghi ngày tháng giao, và nhiều vi phạm khác.
Ngoài ra, ông Xuy đã để con trai là Nguyễn Bá Hưng lấn chiếm gần 5.000 m2 đất công để chăn nuôi, trồng trọt. Hộ ông Nguyễn Bá Hưng có diện tích đất là hơn 2.650 m2, nhiều hơn định mức chung ở vùng tái định cư là hơn 1.150 m2.
Ông Nguyễn Bá Hưng còn lấn chiếm diện tích đất rừng và đất quy hoạch đường giao thông để làm trang trại và chăn nuôi, trồng trọt, xây hàng rào phía trước nhà nằm trong hành lang an toàn đường giao thông. UBND xã Thanh Thủy đã lập biên bản vi phạm hành chính, sau đó ra quyết định xử phạt ông Hưng 4 triệu đồng vì đã tự ý lấn chiếm đất rừng sản xuất thuộc UBND xã Thanh Thủy quản lý.
Sau khi nhận đơn thư tố cáo đối với ông Nguyễn Bá Xuy, Ban Thường vụ Huyện ủy Lệ Thủy đã vào cuộc điều tra, qua xác minh, cơ quan chức năng huyện Lệ Thuỷ xác định nội dung này là đúng.
Liên quan đến những sai phạm của Bí thư Đảng ủy xã Thanh Thủy, ông Nguyễn Xuân Thanh - Chủ nhiệm Ủy Ban kiểm tra huyện Lệ Thuỷ cho biết: “Về xử lý trách nhiệm của người đứng đầu và cấp phó của người đứng đầu, Ban Thường vụ Huyện ủy Lệ Thủy đã ra quyết định thi hành kỷ luật đối với ông Nguyễn Bá Xuy bằng hình thức cảnh cáo, đồng thời chỉ đạo Phòng Tài nguyên và Môi trường tham mưu, thu hồi số diện tích mà ông Nguyễn Bá Hưng đã lấn chiếm. Chỉ đạo UBND xã Thanh Thủy kiểm điểm nghiêm túc, rút kinh nghiệm trong việc thực hiện công tác triển khai di, giãn dân”.
