Theo PGS.TS Nguyễn Kim Sơn, Giám đốc ĐHQG Hà Nội: Việc Thủ tướng Chính phủ ký quyết định thành lập Trường ĐH Y Dược là hiện thực hóa truyền thống đào tạo Y Dược của Đại học Đông Dương – đơn vị tiền thân của ĐHQGHN, và cũng là những bước hoàn thiện mô hình đại học đa ngành, đa lĩnh vực phù hợp với xu thế chung của các cơ sở giáo dục đại học tiên tiến trên thế giới.
Trường Đại học Y Dược thành lập phát triển theo định hướng nghiên cứu tiên tiến trong lĩnh vực y tế của khu vực, đào tạo và cung cấp nguồn nhân lực, những sản phẩm khoa học chăm sóc sức khỏe ở trình độ cao, chuyển giao công nghệ đáp ứng yêu cầu phát triển kinh tế - xã hội của đất nước và từng bước tiếp cận tiêu chuẩn quốc tế; góp phần nâng cao năng lực cạnh tranh của y dược học Việt Nam; chủ động hội nhập quốc tế trong lĩnh vực khoa học sức khỏe.
Về nghiên cứu khoa học, trường phát triển dựa trên thế mạnh và phát huy lợi thế nghiên cứu cơ bản, công nghệ cao sẵn có của một trung tâm đại học đa ngành, đa lĩnh vực hàng đầu đất nước. Các hoạt động NCKH, đổi mới sáng tạo của nhà trường sẽ tập trung theo hướng ứng dụng các thành tựu KH-CN mới của ĐHQGHN vào thực hành lâm sàng, cận lâm sàng và phát triển thuốc, chế phẩm phục vụ điều trị; tiếp cận hướng tới sản phẩm đầu ra có hàm lượng tri thức, công nghệ cao, trực tiếp giải quyết các vấn đề thực tiễn tồn tại trong lĩnh vực y tế của đất nước.
Khoa học công nghệ của Trường được hình thành trên cơ sở các nhóm nghiên cứu mạnh cấp trường và cấp ĐHQGHN. Theo kế hoạch, trung bình hàng năm mỗi cán bộ khoa học công bố ít nhất 2 bài báo, báo cáo khoa học trong nước và quốc tế; tổng số bài báo quốc tế (được trích dẫn trong hệ thống ISI/Scopus) hằng năm đạt từ 20 công trình trở lên; có ít nhất một quy trình kỹ thuật mới được chuyển giao hoặc cấp bằng sở hữu trí tuệ hay phát minh sáng chế mỗi năm.
Trường Đại học Y Dược sẽ tập trung phát triển các lĩnh vực có nhu cầu cao của ngành khoa học sức khỏe: Y học (bệnh học, điều trị học), dược học (nghiên cứu và phát triển thuốc), công nghệ và kỹ thuật y học hiện đại (công nghệ y sinh học phân tử - tế bào, kỹ thuật xét nghiệm, kỹ thuật hình ảnh y học, thiết bị và vật liệu y sinh…); kết hợp nghiên cứu và triển khai ứng dụng các sản phẩm khoa học liên ngành sẵn có ở ĐHQGHN như khoa học và công nghệ y - sinh phân tử - tế bào - miễn dịch, công nghệ nano, các phương pháp xét nghiệm, chẩn đoán, điều trị mới…
Đồng thời trường cũng thực hiện nhiệm vụ tham gia tư vấn các vấn đề chiến lược, chính sách và các giải pháp phát triển khoa học sức khỏe cho các cấp lãnh đạo Đảng và Nhà nước, kết hợp chặt chẽ đào tạo với nghiên cứu khoa học và cung cấp dịch vụ khoa học - công nghệ trong lĩnh vực y tế. Đáp ứng mô hình đại học định hướng nghiên cứu, đa ngành, đa lĩnh vực, có tính tự chủ cao của ĐHQGHN.
Đến năm 2025, trường sẽ xây dựng và hoàn thiện mô hình tiên tiến về đào tạo một số ngành tại ĐHQGHN với quy mô tuyển sinh đại học mỗi năm khoảng 1.000 sinh viên. Quy mô đào tạo sau đại học/tổng quy mô đào tạo tăng dần và đạt 30%; tỷ lệ quy mô đào tạo tiến sĩ/quy mô sau đại học đạt 30%; sinh viên quốc tế chiếm 5%. Theo kế hoạch, Trường ĐH Y Dược và Bệnh viện ĐHQGHN quy mô 1000 giường sẽ được xây dựng mới tại Hòa Lạc với tổng diện tích 25ha.