Theo PGS.TS Trần Thanh Sơn – Trường ĐH Bách khoa (ĐH Đà Nẵng), thành viên Hội đồng quản trị Hệ thống trường liên cấp Việt Nhật, hệ thống giáo dục liên cấp Việt Nhật gồm có giáo dục mầm non, tiểu học, THCS, THPT. Chương trình giáo dục liên cấp Việt Nhật được kết hợp hài hòa giữa chương trình giảng dạy của Bộ GD&ĐT Việt Nam với tinh hoa trong phương pháp giảng dạy, chương trình đào tạo của đất nước Nhật Bản.
Chương trình giáo dục liên cấp Việt Nhật hướng tới góp phần tạo dựng những thế hệ mới – thế hệ của những công dân toàn cầu có kiến thức, hiểu biết, tư duy sáng tạo, hành động và nhân cách tốt. Những thế hệ hội tụ đủ các yếu tố cần thiết về thể chất – trí tuệ - ngôn ngữ - kỹ năng sống để hội nhập quốc tế và giữ được bản sắc dân tộc, con người Việt Nam.
PGS.TS Trần Thanh Sơn cho biết: Chương trình đào tạo được xây dựng theo khung chương trình của Bộ GD&ĐT nhưng tập trung vào các môn học trọng tâm: môn Tiếng Việt và Toán ở tiểu học; môn Toán, Văn, Vật lý, Hóa học ở bậc trung học.
Chương trình tiếng Anh, tiếng Nhật ưu việt kết hợp với những giờ học nâng cao với giáo viên bản xứ. Ngoài đào tạo kiến thức, phát triển các kỹ năng, năng khiếu, chương trình giáo dục liên cấp Việt Nhật còn chú trọng giáo dục đạo đức, nhân cách; phương pháp dạy học gắn với trải nghiệm thực tế, khuyến khích trẻ tư duy và sáng tạo thay vì học thuộc, bắt chước…
Để đảm bảo mục tiêu, hiệu quả chương trình đào tạo, hệ thống trường liên cấp Việt Nhật được đầu tư xây dựng hiện đại, đảm bảo chuẩn về cơ sở vật chất, đáp ứng tốt yêu cầu cho hoạt động học tập và rèn luyện của học sinh.