HĐXX nhận định, hành vi của các bị cáo là rất nghiêm trọng, xâm phạm trật tự trị an, gây thiệt hại lớn về tài nguyên, ảnh hưởng tiêu cực đến môi trường đầu tư, gây bức xúc trong dư luận và làm suy giảm uy tín của các cơ quan quản lý nhà nước. Các sai phạm còn xâm phạm đến quyền quản lý tài nguyên, quản lý kinh tế về thuế, và ảnh hưởng nghiêm trọng đến việc bảo vệ thiên nhiên, môi trường bền vững.
Với những đánh giá nêu trên, tòa khẳng định việc xử lý nghiêm minh, áp dụng hình phạt tương xứng đối với từng bị cáo là cần thiết, nhằm trừng trị, răn đe và phòng ngừa các hành vi đi ngược lại lợi ích của Nhà nước, nhân dân và xã hội.
Tuy nhiên, trong quá trình xét xử, các bị cáo đã thành khẩn khai báo, thể hiện thái độ ăn năn hối cải. Nhiều người có thành tích trong công tác, gia đình có công với cách mạng.
Một số bị cáo là thương, bệnh binh, người cao tuổi, bệnh nặng, một số bị cáo nữ là mẹ đơn thân, nuôi con nhỏ. Một số bị cáo là cấp dưới, làm theo chỉ đạo, hành vi phạm tội mang tính phục tùng, không hưởng lợi.
Căn cứ các tình tiết tăng nặng, giảm nhẹ, HĐXX tuyên phạt ông Nguyễn Linh Ngọc 3 năm tù về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí" (trước đó VKS đề nghị 30-36 tháng án treo). Cùng tội danh trên, ông Nguyễn Văn Thuấn – cựu Tổng Cục trưởng Tổng cục Địa chất và Khoáng sản 5 năm tù (VKS đề nghị 5-6 năm tù).
5 cựu cán bộ của Bộ TNMT và Sở TNMT tại Yên Bái bị tuyên 2 năm 6 tháng đến 4 năm tù.
Ông Đoàn Văn Huấn, Chủ tịch Công ty Thái Dương, bị tuyên 6 năm tù về tội Vi phạm quy định về thăm dò, khai thác tài nguyên; 4 năm 6 tháng tù về tội Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng và 4 năm về tội Gây ô nhiễm môi trường. Tổng hợp mức án của bị cáo Huấn là 14 năm 6 tháng năm (VKS đề nghị 12-15 năm).
Lưu Anh Tuấn, Chủ tịch Công ty CP Đất hiếm Việt Nam, bị HĐXX tuyên phạt 12 năm tù cho tội Buôn lậu và 4 năm tù cho tội Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng,tổng hợp 16 năm.
18 người còn lại bị tuyên từ 2 năm án treo đến 8 năm 6 tháng tù về các tội danh khác nhau: Vi phạm quy định về thăm dò, khai thác tài nguyên; Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng; Gây ô nhiễm môi trường; Buôn lậu; Tiêu thụ tài sản do người khác phạm tội mà có.
Về dân sự, buộc các bị cáo nộp lại toàn bộ tiền hưởng lợi từ các hành vi vi phạm pháp luật. Cụ thể, bị cáo Đoàn Văn Huấn của Công ty Thái Dương phải nộp hơn 665 tỷ đồng; Lưu Anh Tuấn, Chủ tịch HĐQT Công ty CP Đất hiếm Việt Nam phải nộp 233 tỷ đồng.
Buộc công ty Thái Dương phải xử lý triệt để, khắc phục hậu quả của hành vi gây ô nhiễm môi trường khi đổ hơn 35.000 tấn chất thải trái phép ra khu vực mỏ Yên Phú, huyện Văn Yên, tỉnh Yên Bái.
