Theo kết luận điều tra, từ năm 1990, Phan Thanh Hữu (65 tuổi, Giám đốc Công ty TNHH thương mại Phan Lê Hoàng Anh) và Đào Ngọc Viễn (54 tuổi, Giám đốc Công ty TNHH Đại Dương Hải Phòng) cùng làm ở công ty thủy sản nên có quen biết với nhau.
Tháng 9/2019, Hữu hoán đổi tiền góp vốn với một giám đốc doanh nghiệp để lấy 4 tàu thủy Nhật Minh 06, 07, 08, 09, với mục đích dùng để buôn lậu xăng từ Singapore về Việt Nam.
Thời gian này, vì biết Viễn đang điều hành Công ty TNHH Đại Dương Hải Phòng, chuyên mua bán, vận chuyển xăng dầu và có nhiều mối quan hệ với một số cá nhân ở các cơ quan chức năng nên Hữu bàn bạc với Viễn thỏa thuận góp vốn cùng buôn lậu xăng.
Cụ thể, Hữu, Viễn cùng 3 người khác góp 53,4 tỷ đồng để mua xăng, lợi nhuận thu được sẽ chia theo tỷ lệ Hữu 40%, Viễn và những người còn lại 60%. Sau đó, Viễn giới thiệu cho Hữu liên hệ với chủ hàng ở Singapore thỏa thuận về giá và cách thức nhận hàng. Sau khi thoả thuận thành công, Viễn điều 2 tàu biển chuyên dụng có tổng trọng lượng 8.000 tấn đậu tại vùng biển tự do giáp ranh giữa các nước Singapore, Indonesia, Malaysia. Đến khi có tín hiệu, các tàu này sẽ vào cảng Vopak (Singapore) liên lạc với đại lý để nhận hàng.
Khi 2 tàu này nhận hàng xong về tới vùng biển Việt Nam, Hữu chỉ đạo nhân viên đưa tàu Nhật Minh 07, 08, 09 ra nhận xăng chở về khu vực sông Hậu thuộc xã Mỹ Hòa, thị xã Bình Minh, tỉnh Vĩnh Long và các tàu Khánh Hòa 1, 3 đưa vào cảng Bắc Vân Phong, tỉnh Khánh Hòa tiêu thụ.
Do xăng nhập lậu có màu trắng, nhưng thị trường tiêu thụ xăng trong nước có màu vàng nhạt. Để không bị phát hiện và thuận lợi trong tiêu thụ, Hữu dùng bột màu và dung môi cho người đưa lên tàu pha chế thành màu vàng nhạt để giống xăng trong nước. Sau đó, xăng được sang qua các tàu bán cho các đầu mối lớn có kho chứa. Từ đây xăng lậu tiếp tục được bán cho các doanh nghiệp kinh doanh xăng dầu ở nhiều tỉnh, thành phố khu vực phía Nam.
Theo kết quả điều tra, từ tháng 3/2020 đến tháng 2/2021, Hữu và Viễn cùng các đối tượng đã vận chuyển 48 chuyến, tổng cộng hơn 198 triệu lít xăng lậu, trị giá gần 2.800 tỷ đồng. Trong đó, đã tiêu thụ hơn 196 triệu lít, thu lợi hàng trăm tỷ đồng, riêng Phan Thanh Hữu hưởng hơn 105 tỷ đồng.
Cũng theo kết luận điều tra, khi nhận thông tin lực lượng của Cục điều tra chống buôn lậu, Tổng Cục hải quan đang triển khai bắt các tàu hàng buôn lậu xăng, Hữu và đàn em nhiều lần tìm cách tiếp cận, gặp gỡ Ngô Văn Thụy, Đội trưởng đội 3, Cục điều tra chống buôn lậu để nhờ giúp đỡ. Theo đó, Thụy đã nhận của nhóm Hữu 10.000 USD, 500 triệu đồng và 1 thẻ ATM với số dư 100 triệu đồng trong tài khoản.
Cơ quan điều tra còn xác định, ngoài việc hối lộ cho Ngô Văn Thụy, Hữu và Từ còn có hành vi đưa hối lộ cho một số cá nhân là quân nhân trong lực lượng Cảnh sát biển, Bộ đội Biên phòng. Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Đồng Nai đã chuyển tài liệu, chứng cứ sang Cơ quan Điều tra hình sự, Bộ Quốc phòng để điều tra, xử lý theo thẩm quyền.