Với cương vị người đứng đầu, đồng chí chịu trách nhiệm chính về những vi phạm, khuyết điểm của Ban Thường vụ Tỉnh ủy nhiệm kỳ 2010-2015 và Ban cán sự đảng UBND tỉnh nhiệm kỳ 2011-2016 (như đã nêu trong Thông báo số 358-TB/UBKTTW, ngày 28/12/2017 của Ủy ban Kiểm tra Trung ương).
Vi phạm nguyên tắc tập trung dân chủ, Quy chế làm việc và các quy định của Đảng, Nhà nước về công tác cán bộ; không gương mẫu, có biểu hiện ưu ái, vun vén cho gia đình trong việc quy hoạch, đào tạo, luân chuyển, điều động và quyết định bổ nhiệm đồng chí Lê Phước Hoài Bảo (là con trai của đồng chí) giữ các chức vụ (Trưởng phòng của Ban Quản lý Khu kinh tế mở Chu Lai, Phó Chủ tịch UBND huyện Thăng Bình, Phó Giám đốc, Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư) không đủ tiêu chuẩn, điều kiện, vi phạm quy trình, thủ tục; để UBND tỉnh quyết định cử đồng chí Lê Phước Hoài Bảo đi học Thạc sỹ tại nước ngoài bằng ngân sách Nhà nước không đúng quy định.
Ban Bí thư nhận thấy những vi phạm, khuyết điểm của đồng chí Lê Phước Thanh là rất nghiêm trọng, làm ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức đảng và cá nhân đồng chí, gây dư luận xấu trong cán bộ, đảng viên và nhân dân.
Căn cứ Quy định số 102-QĐ/TW của Bộ Chính trị về xử lý kỷ luật đảng viên vi phạm, Ban Bí thư quyết định kỷ luật đồng chí Lê Phước Thanh bằng hình thức cách chức Bí thư Tỉnh ủy nhiệm kỳ 2010-2015.
