Theo kế hoạch, đối với tuyển sinh vào lớp 1 và lớp 6, ngành tổ chức xét tuyển theo các Thông tư của Bộ GD&ĐT và hướng dẫn của Sở GD&ĐT. Thời gian xét tuyển dự kiến trước ngày 1/8/2019.
Đối với tuyển sinh vào lớp 10 THPT, ngoài Trường THPT chuyên Phan Ngọc Hiển tổ chức thi tuyển, thì các trường THPT còn lại xét tuyển.
Theo đó, Trường THPT chuyên Phan Ngọc Hiển tổ chức thi tuyển trong 3 ngày (từ ngày 8 - 10/6/2019). Ngoài 3 môn thi bắt buộc là Toán, Ngữ văn và Tiếng Anh, các em thi thêm môn chuyên theo quy chế trường chuyên.
Những thí sinh dự thi vào lớp chuyên Toán, Toán - Tin, Ngữ văn, hoặc Tiếng Anh thì mỗi môn này phải thi 2 bài: Một bài thi không chuyên và một bài thi chuyên với mức độ yêu cầu cao hơn.
Năm học 2019 - 2020 Trường THPT chuyên Phan Ngọc Hiển tuyển 9 lớp chuyên gồm: Toán, Toán - Tin, Vật lí, Hóa học, Sinh học, Ngữ văn, Lịch sử, Địa lý, Tiếng Anh, với chỉ tiêu 385 học sinh.
Đối với các trường THPT còn lại, đối tượng xét tuyển là học sinh đã tốt nghiệp THCS không dự thi vào trường THPT chuyên, hoặc có dự thi nhưng không đủ điểm vào Trường THPT chuyên Phan Ngọc Hiển. Thời gian nhận hồ sơ và xét tuyển từ đầu tháng 6 đến ngày 20/7/2019 (đối với hệ phổ thông) và đầu tháng 8/2019 (đối với hệ Giáo dục thường xuyên).
Riêng trường Phổ thông Dân tộc nội trú thực hiện theo Quy chế tổ chức và hoạt động của trường phổ thông Dân tộc nội trú ban hành kèm theo Thông tư số 01/2016-TT-BGDĐT ngày 15/1/2016 của Bộ trưởng Bộ GD&ĐT.
