Theo đó, cơ cấu tổ chức của Cục Quản lý chất lượng, Bộ GD&ĐT bao gồm 4 tổ chức hành chính và 2 đơn vị sự nghiệp công lập.
Cụ thể, 4 tổ chức hành chính gồm: Văn phòng; Phòng Quản lý kiểm định chất lượng giáo dục; Phòng Quản lý thi; Phòng Quản lý văn bằng chứng chỉ.
2 sự nghiệp giáo dục công lập gồm: Trung tâm Công nhận văn bằng; Trung tâm Khảo thí quốc gia và Đánh giá chất lượng giáo dục.
Căn cứ Nghị định số 86/2022/NĐ-CP và Quyết định số 4668/QĐ-BGDĐT, Cục Cục Quản lý chất lượng là đơn vị thuộc Bộ GD&ĐT, thực hiện chức năng tham mưu, giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước về công tác bảo đảm và kiểm định chất lượng giáo dục; thi và đánh giá chất lượng giáo dục; quản lý văn bằng, chứng chỉ trong phạm vi quản lý của Bộ GD&ĐT; quản lý việc thực hiện Quy chế công khai đối với cơ sở giáo dục và đào tạo thuộc hệ thống giáo dục quốc dân; cung cấp phôi văn bằng, chứng chỉ; thực hiện các dịch vụ công trong lĩnh vực công tác được giao theo quy định.
Cục Quản lý chất lượng có tư cách pháp nhân, có con dấu và được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước, Ngân hàng thương mại theo quy định của pháp luật.