Cụ thể, phạm vi lập quy hoạch là 977,568 ha, trong đó khu vực bảo vệ di tích, có diện tích khoảng 499,818 ha, bao gồm: Hang Con Moong 483,9861 ha; Hang Lai 2,3518 ha; Hang Lý Chùn, hang Bố Giáo, đất đắp núi Đầu Voi 6,8529 ha; Hang Diêm (hang Dơi) 4,1372 ha; hang và mái đá Mộc Long 2,49 ha; khu vực phát huy giá trị di tích có diện tích khoảng 477,75 ha.
Phạm vi ranh giới khu vực nghiên cứu lập quy hoạch bao gồm diện tích đất thuộc địa phận các xã Thành Yên và Thành Minh.
Mục tiêu lập quy hoạch là nhận diện rõ hơn giá trị di tích khảo cổ hang Con Moong và các di tích phụ cận; bảo vệ di tích và cảnh quan, môi trường di tích gắn với phát huy bản sắc văn hóa địa phương; kết nối di tích với các khu vực cảnh quan sinh thái vườn quốc gia Cúc Phương, hình thành các sản phẩm di lịch, góp phần phát triển kinh tế-xã hội của địa phương.
Đồng thời xác định ranh giới khoanh vùng bảo vệ di tích làm cơ sở quản lý và cắm mốc giới di tích. Xác định chức năng và chỉ tiêu sử dụng đất cho khu vực di tích, khu dân cư, khu vực bảo vệ môi trường sinh thái.
Tổ chức không gian và bố trí hệ thống hạ tầng phù hợp với các giai đoạn bảo tồn, phát huy giá trị di tích; định hướng kế hoạch, lộ trình và các nhóm giải pháp tổng thể quản lý, đầu tư tu bổ, tôn tạo và phát huy giá trị di tích.
Tính chất quy hoạch là di tích khảo cổ, di tích quốc gia đặc biệt, là khu bảo tồn thiên nhiên, khu rừng đặc dụng.
Nhiệm vụ quy hoạch chủ yếu là nghiên cứu, khảo sát di tích; khảo cứu số liệu, tài liệu nghiên cứu về di tích (lịch sử, khảo cổ học, văn hóa, kinh tế, xã hội, môi trường, hệ động thực vật, địa hình, thủy văn và cảnh quan của khu vực di tích); khảo sát, đo vẽ, đánh giá hiện trạng di tích và bổ sung tư liệu về di tích. Nghiên cứu phong tục, tập quán của cộng đồng dân cư xung quanh di tích.
Bên cạnh đó, nghiên cứu, khảo sát hiện trạng xây dựng, kiến trúc, hạ tầng kỹ thuật. Xác định cấu trúc quy hoạch, kiến trúc cảnh quan khu vực di tích, khu dân cư và vùng lân cận; tình hình kinh tế, xã hội và hoạt động du lịch; các chương trình, quy hoạch, dự án đã và đang thực hiện tại địa phương có tác động đến hệ thống di tích; đánh giá kết quả tình hình huy động vốn đầu tư, hiệu quả đầu tư; các khó khăn, vướng mắc và nguyên nhân.
Xác định giá trị và đặc điểm của di tích quốc gia đặc biệt hang Con Moong và các di tích phụ cận giá trị về cảnh quan, môi trường gắn với di tích; xác định tình trạng và nguyên nhân gây xuống cấp di tích, nhận diện các tác động tiêu cực đến di tích và cảnh quan di tích; xác định các yếu tố cần bảo tồn; xác định ranh giới các khu vực bảo vệ di tích, kiến nghị điều chỉnh mở rộng các khu vực bảo vệ di tích, xác định các khu vực cảnh quan thiên nhiên, khu vực hạn chế xây dựng, khu vực xây dựng mới.
Các dự báo phát triển và các chỉ tiêu kinh tế xã hội khu vực: dự báo tăng trưởng kinh tế xã hội; dự báo quá trình đô thị hóa; dự báo phát triển du lịch; dự báo tác động môi trường và biến đổi khí hậu và dự báo các chỉ tiêu phát triển hạ tầng kỹ thuật.
Thủ tướng Chính phủ giao UBND tỉnh Thanh Hóa chủ trì, phối hợp với Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch và các bộ, ngành liên quan tổ chức lập và trình duyệt đồ án Quy hoạch tổng thể bảo tồn, tôn tạo và phát huy giá trị di tích khảo cổ hang Con Moong và các di tích phụ cận, huyện Thạch Thành, tỉnh Thanh Hóa theo quy định; bố trí nguồn vốn, phê duyệt dự toán chi phí lập quy hoạch và các chi phí khác có liên quan đến công tác lập quy hoạch.