Theo Quyết định số 4088/QĐ-UBND của UBND tỉnh An Giang thành lập Trường Phổ thông Dân tộc nội trú Trung học cơ sở và Trung học phổ thông An Giang 2 trực thuộc Sở GD&ĐT An Giang trên cơ sở sáp nhập Trường PT Dân tộc nội trú THPT An Giang 2 và các Trường PT Dân tộc nội trú THCS Tri Tôn, Trường PT Dân tộc nội trú THCS Tịnh Biên, Trường PT Dân tộc nội trú THCS Hà Tiên trực thuộc Sở Giáo dục và Đào tạo An Giang.
Trụ sở chính đặt tại Trường Phổ thông Dân tộc nội trú Trung học cơ sở và Trung học phổ thông An Giang 2 thuộc khóm Châu Thới 1, phường Châu Đốc, tỉnh An Giang.
Phân hiệu 1, tại Trường Phổ thông Dân tộc nội trú Trung học cơ sở Tịnh Biên trước sáp nhập thuộc khóm Sơn Đông, phường Thới Sơn, tỉnh An Giang.
Phân hiệu 2, tại Trường Phổ thông Dân tộc nội trú Trung học cơ sở Tri Tôn trước sáp nhập thuộc ấp An Lộc, xã Tri Tôn, tỉnh An Giang.
Phân hiệu 3, tại Trường Phổ thông Dân tộc nội trú Trung học cơ sở Hà Tiên trước sáp nhập thuộc khu phố 2, phường Hà Tiên, tỉnh An Giang.
Trường Phổ thông Dân tộc nội trú THCS&THPT An Giang 2 là cơ sở giáo dục phổ thông hai cấp học công lập, trực thuộc Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh An Giang; có tư cách pháp nhân, được sử dụng con dấu riêng và mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước, ngân hàng thương mại theo quy định của pháp luật.
Chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Trường Phổ thông Dân tộc nội trú THCS&THPT An Giang 2 thực hiện theo Thông tư số 15/2026/TT-BGDĐT ngày 24/3/2026 của Bộ trưởng Bộ GD&ĐT ban hành Điều lệ Trường Tiểu học, Trường THCS, Trường THPT và trường phổ thông có nhiều cấp học; Thông tư số 04/2023/TT-BGDĐT ngày 23/2/2023 của Bộ trưởng Bộ GD&ĐT ban hành quy chế tổ chức và hoạt động của trường phổ thông dân tộc nội trú và các văn bản pháp luật hiện hành của Nhà nước.
