Theo Đề án, phát triển Viện Công nghệ sinh học, Đại học Huế thành một trung tâm công nghệ sinh học cấp quốc gia tại miền Trung có cơ sở vật chất hiện đại, đồng bộ, nhân lực đủ khả năng tiếp thu, làm chủ, tiến tới sáng tạo các công nghệ nền của công nghệ sinh học, có khả năng giải quyết các nhiệm vụ nghiên cứu cơ bản và chuyển giao công nghệ đáp ứng nhu cầu xã hội.
Mục tiêu đến năm 2020 đầu tư phát triển cơ sở hạ tầng mới, khu ươm tạo và sản xuất thử nghiệm (nhà kính, nhà lưới và sản xuất vaccine, chế phẩm sinh học); hoàn thiện, tổ chức hoạt động 4 phòng thí nghiệm: Công nghệ gen; công nghệ enzyme và protein; vi sinh vật học và công nghệ lên men; tế bào gốc.
Đến năm 2025, đầu tư nâng cấp cơ sở vật chất, phòng thí nghiệm để phát triển Viện Công nghệ sinh học thành một trong 3 trung tâm công nghệ sinh học quốc gia đạt trình độ tương đương khu vực ASEAN; tổ chức hoạt động 5 phòng thí nghiệm: Miễn dịch học và vaccine; tin sinh học; hoạt chất sinh học và công nghệ hóa sinh; công nghệ bào chế; sinh học biển; xây dựng các khu ươm tạo, thử nghiệm và sản xuất.
Phát triển và ứng dụng công nghệ nền để tạo ra các sản phẩm khoa học có giá trị đóng góp vào sự phát triển kinh tế xã hội ở khu vực miền Trung - Tây Nguyên và cả nước; chuyển giao công nghệ trong các lĩnh vực nông lâm thủy sản, chăm sóc sức khỏe và bảo vệ môi trường vùng ven biển và đồi núi.
Đề án sẽ xây dựng cơ chế, chính sách hỗ trợ nghiên cứu các công nghệ nền và công nghệ biến đổi gen để ứng dụng phù hợp với phát triển kinh tế - xã hội của đất nước; triển khai thực hiện có hiệu quả các cơ chế ưu đãi về nghiên cứu phát triển, ứng dụng công nghệ cao theo quy định của pháp luật.
Đồng thời đẩy mạnh hợp tác liên kết với các viện, trung tâm nghiên cứu, phòng thí nghiệm công nghệ sinh học trên địa bàn khu vực miền Trung, góp phần hỗ trợ, nâng cao năng lực, hiệu quả trong nghiên cứu, ứng dụng và phát triển công nghệ sinh học phục vụ phát triển kinh tế - xã hội khu vực miền Trung.
Bên cạnh đó tăng cường tiềm lực cơ sở vật chất, đầu tư ban đầu phát triển cơ sở hạ tầng Viện Công nghệ sinh học, Đại học Huế. Trong giai đoạn 2018 - 2020, tập trung đầu tư chiều sâu, nâng cao năng lực nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ gắn kết với các phòng thí nghiệm khác của các trường thành viên trong lĩnh vực nông lâm ngư nghiệp, sức khỏe và môi trường; hoàn thiện, tổ chức hoạt động 4 phòng thí nghiệm: Công nghệ gen; công nghệ enzyme và protein; vi sinh vật học và công nghệ lên men; tế bào gốc.
Giai đoạn 2021 - 2025, đầu tư mới 5 phòng thí nghiệm: Miễn dịch học và vaccine; tin sinh học; hoạt chất sinh học và công nghệ hóa sinh; bào chế dược; sinh học biển; xây dựng và hoàn thiện các khu ươm tạo, thử nghiệm và sản xuất (nhà kính, nhà lưới và sản xuất vaccine, chế phẩm sinh học).
Ưu tiên các định hướng nghiên cứu cơ bản và ứng dụng, nghiên cứu cơ bản về khoa học sự sống, công nghệ nguồn; nghiên cứu ứng dụng công nghệ nguồn, công nghệ gen và tế bào, protein/enzyme, vi sinh, hóa sinh… trong y dược, sinh học biển, nông nghiệp, thủy sản, công nghiệp chế biến và môi trường; phân tích, thử nghiệm và đánh giá an toàn sinh học, sản phẩm hàng hóa đối với sinh vật biến đổi gen, mẫu vật di truyền và sản phẩm của sinh vật biến đổi gen.
Phát triển ứng dụng công nghệ sinh học, khai thác và phát triển nguồn gen quý hiếm động và thực vật ở miền Trung vào phát triển nông lâm ngư nghiệp và cây thuốc Việt Nam; xây dựng và chuyển giao các mô hình công nghệ sinh học công nghiệp ở miền Trung nhất là trong thủy sản và chế biến nông sản; phát triển công nghệ sinh học gắn với công nghệ vật liệu mới và công nghệ thông tin để hướng đến tự động hóa các mô hình sản xuất công nghệ cao ứng dụng vào nông nghiệp, công nghiệp chế biến và bảo vệ môi trường.
Xây dựng Trung tâm dịch vụ khoa học và công nghệ, chuyển giao công nghệ sinh học làm nòng cốt cho khu vực miền Trung; tổ chức dịch vụ ươm tạo, chuyển giao.