Hiện nay, Thanh Hóa có 2.121 trường học từ bậc mầm non đến THPT; cụ thể có 659 trường mầm non, 708 trường tiểu học, 633 trường THCS, 14 trường tiểu học và THCS, 6 trường THCS và THPT (còn gọi là trường hai cấp học), 101 trường THPT. Nhiều trường mầm non, tiểu học ở khu vực miền núi có nhiều khu lẻ, học sinh (HS) phải học lớp ghép, cơ sở vật chất không đảm bảo cho việc dạy và học.
Số trường tiểu học, THCS có quy mô nhỏ (hạng II, III) còn lớn; toàn tỉnh hiện có 120/708 trường tiểu học có quy mô dưới 9 lớp/trường, 188/633 trường THCS có quy mô dưới 8 lớp/trường, gây khó khăn trong việc sắp xếp, bố trí giáo viên chuyên môn, ảnh hưởng đến chất lượng giáo dục. Nguyên nhân của tình trạng này là do nhiều năm nay giảm dần quy mô dân số, dẫn đến số HS, số lớp ở hầu hết các trường đều giảm.
Năm học 2010- 2011, số HS từ bậc mầm non đến THPT của tỉnh là 739.901 em, với 26.503 lớp; đến năm học 2014- 2015 vừa qua, số HS giảm còn 716.936 em, với 25.078 lớp, giảm 19.965 HS và 1.425 lớp. Chẳng hạn như Trường THCS xã Sơn Hà, huyện vùng cao Quan Sơn chỉ có 86 HS, với vẻn vẹn 4 lớp ở 4 khối học.
Để sử dụng cơ sở vật chất trường học có hiệu quả, nâng cao chất lượng giáo dục, đáp ứng nhu cầu học tập của học sinh, việc sắp xếp các trường học trên địa bàn tỉnh cho phù hợp với tình hình thực tế là cần thiết. HĐND tỉnh Thanh Hóa đã thông qua, lộ trình từ nay đến năm 2020 sẽ giảm từ 2.011 trường (không tính 101 trường THPT giữ nguyên) xuống còn 1.898 trường (giảm 122 trường so với năm 2014). Trong đó bậc học mầm non sẽ giữ nguyên 659 trường như hiện nay, còn lại số trường giảm ở bậc tiểu học và THCS.
Đối với trường tiểu học và THCS từ 14 trường sẽ tăng lên 73 trường; trường THCS và THPT từ 6 trường sẽ tăng lên 7 trường năm 2020. Các trường tiểu học, THCS mới ghép, sáp nhập trong năm học tới, nếu chưa đảm bảo điều kiện cho việc học tập trung tại một địa điểm, thì vẫn tiến hành dạy học ở các địa điểm cũ.
UBND tỉnh Thanh Hóa chỉ đạo ngành GD&ĐT cùng các địa phương bố trí, sắp xếp giáo viên giảng dạy đủ số môn, số tiết học theo quy định; tránh tình trạng thừa, thiếu về cơ cấu.