Tập trung đầu tư phát triển các tổ chức hoạt động trong lĩnh vực khoa học và công nghệ ưu tiên, trọng điểm mà Việt Nam có thế mạnh để đến năm 2020 có khoảng 15 tổ chức, đến năm 2030 có khoảng 30 tổ chức khoa học và công nghệ công lập đạt trình độ khu vực và thế giới.
Đến năm 2020, khoảng 55% cán bộ nghiên cứu của tổ chức khoa học và công nghệ công lập có trình độ thạc sỹ trở lên, trong đó ít nhất 20% là tiến sỹ. Đến năm 2030, khoảng 70% cán bộ nghiên cứu của tổ chức khoa học và công nghệ công lập có trình độ thạc sĩ trở lên, trong đó ít nhất 30% là tiến sỹ.
Theo nội dung Quy hoạch, giai đoạn 2016 - 2020, các tổ chức nghiên cứu chiến lược, chính sách, định mức kinh tế - kỹ thuật do Quốc hội, Ủy ban Thường vụ Quốc hội, Chính phủ, Toà án nhân dân tối cao, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao, Thủ tướng Chính phủ quyết định thành lập trực thuộc Ủy ban Thường vụ Quốc hội, Toà án nhân dân tối cao, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao, Bộ, cơ quan ngang Bộ được quy hoạch mỗi cơ quan có 1 tổ chức, riêng Bộ Công Thương và Bộ Kế hoạch và Đầu tư có 2 tổ chức.
Các tổ chức nghiên cứu cơ bản, nghiên cứu ứng dụng, dịch vụ khoa học và công nghệ trực thuộc các Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ và 02 Đại học Quốc gia đã được Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ quyết định thành lập gồm: 8 tổ chức trực thuộc Bộ Công Thương; Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội, Bộ Giao thông vận tải, Bộ Thông tin và Truyền thông, Bộ Nội vụ, Thông tấn xã Việt Nam, Đài Tiếng nói Việt Nam, Đài Truyền hình Việt Nam, Bảo hiểm xã hội Việt Nam, Đại học Quốc gia thành phố Hồ Chí Minh đều có 1 tổ chức trực thuộc; 5 tổ chức trực thuộc Bộ Xây dựng; 3 tổ chức trực thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo; 10 tổ chức trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; 2 tổ chức trực thuộc Bộ Kế hoạch và Đầu tư; 14 tổ chức trực thuộc Bộ Y tế; 11 tổ chức trực thuộc Bộ Khoa học và Công nghệ; 3 tổ chức trực thuộc Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch; 6 tổ chức trực thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường; 27 tổ chức trực thuộc Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam; 32 tổ chức trực thuộc Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam; 3 tổ chức trực thuộc Đại học Quốc gia Hà Nội.
Trong giai đoạn 2016 - 2020, các Bộ, cơ quan tập trung rà soát chức năng, nhiệm vụ, sắp xếp cơ cấu bên trong của từng tổ chức khoa học và công nghệ công lập nêu trên theo hướng thu gọn các đầu mối trực thuộc; đẩy mạnh thực hiện cơ chế tự chủ, từng bước chuyển các tổ chức nghiên cứu ứng dụng, dịch vụ khoa học và công nghệ có đủ điều kiện sang hoạt động theo mô hình doanh nghiệp hoặc cổ phần hóa.
Các tổ chức khoa học và công nghệ công lập do Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ, Thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ, Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quyết định thành lập được rà soát, sắp xếp hợp lý, khắc phục tình trạng trùng lặp về chức năng, nhiệm vụ. Không thành lập mới tổ chức khoa học và công nghệ công lập; chỉ thành lập tổ chức mới trong trường hợp đặc biệt, thật sự cần thiết do yêu cầu thực tiễn.
Tiếp tục kiện toàn các tổ chức khoa học và công nghệ công lập đang hoạt động có hiệu quả. Khuyến khích các tổ chức nghiên cứu ứng dụng và dịch vụ khoa học và công nghệ chuyển sang tự chủ hoàn toàn, hoạt động theo mô hình doanh nghiệp. Từng bước cổ phần hóa tổ chức khoa học và công nghệ công lập đủ điều kiện theo quy định của pháp luật.
Giai đoạn 2021 - 2030, đẩy mạnh tái cấu trúc mạng lưới tổ chức khoa học và công nghệ công lập theo hướng giảm số lượng tổ chức, tăng quy mô, nâng cao năng lực và hiệu quả hoạt động của tổ chức khoa học và công nghệ công lập trên cơ sở sáp nhập, hợp nhất các tổ chức trùng lặp chức năng, nhiệm vụ; giải thể tổ chức hoạt động không hiệu quả hoặc không cần thiết phải duy trì hoạt động; cổ phần hóa các tổ chức đủ điều kiện hoặc không cần thiết phải duy trì dưới hình thức công lập.
Bên cạnh đó, điều chỉnh, phân bố tổ chức khoa học và công nghệ công lập theo lĩnh vực nghiên cứu, phù hợp với đặc thù và với quy hoạch phát triển kinh tế - xã hội của từng vùng, địa phương; tiếp tục tập trung đầu tư phát triển một số tổ chức khoa học và công nghệ công lập trong các lĩnh vực ưu tiên để đạt trình độ khu vực và thế giới.
