Theo đó, về tổ chức hội đồng tự quản, trên cơ sở hội đồng tự quản lớp 6, các lớp tiếp tục tổ chức bầu chọn hội đồng tự quản lớp 7 để hỗ trợ với giáo viên chủ nhiệm trong việc điều hành các hoạt động, sinh hoạt tập thể của lớp.
Trong quá trình lên lớp, giáo viên có thể huy động hội đồng tự quản để tổ chức một số hoạt động giáo dục cho học sinh nhưng tuyệt đối không để các em làm thay nhiệm vụ của giáo viên bộ môn.
Về bố trí chỗ ngồi cho học sinh: Lớp học mô hình Trường học mới được xếp bàn ghế theo 2 hoặc 4 dãy (hàng dọc) như các lớp học chương trình giáo dục phổ thông hiện hành; học sinh ngồi quay về cùng một phía, hướng về bảng viết;
Căn cứ điều kiện thực tế của địa phương, cơ sở giáo dục và tùy theo nội dung bài học, giáo viên bộ môn tổ chức các hoạt động theo nhóm một cách phù hợp, linh hoạt giữa các hoạt động học trong mỗi bài học và giữa các bài học/môn học khác nhau, đảm bảo tất cả học sinh được hoạt động học tích cực, tự lực, hiệu quả.
Trang trí lớp học: Kế thừa kết quả lớp 6, các lớp 7 mô hình Trường học mới, tiếp tục duy trì các hình thức trang trí lớp học sao cho đơn giản, hiệu quả và có thể lược bỏ những nội dung quá hình thức, không phù hợp với lứa tuổi học sinh.
