Nội dung thanh tra gồm: Công tác tuyển sinh đầu cấp và chuyển trường năm học 2016-2017; việc thực hiện chỉ tiêu tuyển sinh đầu cấp (lớp 1, lớp 6 và lớp 10) năm học 2016-2017 do cấp có thẩm quyền quy định; số học sinh thực tuyển khối lớp 1, 6 và lớp 10 so với chỉ tiêu đề ra đến thời điểm thanh tra; công tác chuyển trường học sinh các khối lớp trên địa bàn tỉnh và tỉnh ngoài về học tại Phú Yên; việc thiết lập, quản lý hồ sơ sổ sách lưu trữ, theo dõi.
Thanh tra các khoản thu trong năm học 2015-2016 và các khoản dự thu, chi và quản lý, sử dụng đầu năm học 2016-2017; việc thiết lập, quản lý hồ sơ sổ sách lưu trữ, theo dõi. Việc thực hiện các khoản đóng góp tự nguyện của cha mẹ học sinh theo các quy định của Bộ GD&ĐT.
Thanh tra việc thực hiện các quy định của Bộ GD&ĐT về chế độ làm việc đối với giáo viên phổ thông. Tập trung thanh tra đối với giáo viên làm công tác quản lý.
Sở GD&ĐT cũng sẽ thanh tra một số cơ sở, giáo viên có tổ chức dạy thêm, học thêm. Thanh tra công tác xây đựng trường học xanh - sạch - đẹp.
Thời gian thanh tra trong tháng 9 và 10 năm 2016.
