Theo đó, mức phí bảo vệ môi trường đối với dầu thô là 100.000 đồng/tấn; đối với khí thiên nhiên, khí than 50 đồng/m3. Riêng khí thiên nhiên thu được trong quá trình khai thác dầu thô (khí đồng hành) 35 đồng/m3.
Nghị định cũng quy định cụ thể biểu khung mức phí bảo vệ môi trường đối với khai thác quặng khoáng sản kim loại (từ 10.000 đồng - 270.000 đồng/tấn); khoáng sản không kim loại (từ 1.000 - 90.000/m3 hoặc tấn).
Mức phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản tận thu bằng 60% mức phí của loại khoáng sản tương ứng.
Phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản phải nộp trong kỳ nộp phí được tính theo công thức sau: F= [(Q1 x f1) + (Q2 x f2)] x K.
Trong đó:
- F là số phí bảo vệ môi trường phải nộp trong kỳ;
- Q1 là số lượng đất đá bốc xúc thải ra trong kỳ nộp phí (m3);
- Q2 là số lượng quặng khoáng sản nguyên khai khai thác trong kỳ (tấn hoặc m3);
- f1 là mức phí đối với số lượng đất đá bốc xúc thải ra 200 đ/m3;
- f2 là mức phí tương ứng của từng loại khoáng sản khai thác (đồng/tấn hoặc đồng/m3);
- K là hệ số tính phí theo phương pháp khai thác, trong đó: khai thác lộ thiên K=1,05 (bao gồm cả khai thác bằng sức nước như khai thác titan, cát, sỏi lòng sông); khai thác hầm lò và các hình thức khai thác khác K=1 (khai thác dầu thô, khí thiên nhiên, nước khoáng thiên nhiên và các trường hợp còn lại).
Nghị định quy định rõ, đối với số lượng đất đá bốc xúc thải ra trong quá trình khai thác than, không thu phí đến hết năm 2017.
Phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản, không kể dầu thô và khí thiên nhiên, khí than là khoản thu ngân sách địa phương hưởng 100% để hỗ trợ cho công tác bảo vệ và đầu tư cho môi trường tại địa phương nơi có hoạt động khai thác khoáng sản theo Luật Bảo vệ môi trường và Luật Ngân sách nhà nước.
Phí bảo vệ môi trường đối với dầu thô và khí thiên nhiên, khí than là khoản thu ngân sách trung ương hưởng 100% để hỗ trợ cho công tác bảo vệ và đầu tư cho môi trường theo quy định của Luật Bảo vệ môi trường và Luật Ngân sách nhà nước.