Con tàu The Bom Jesus đã biến mất một cách bí ẩn vào năm 1533 cùng với một lượng lớn ngọc ngà châu báu và toàn bộ thủy thủ đoàn. Vụ mất tích của The Bom Jesus sau đó đã trở thành một trong những bí ẩn lớn nhất của lịch sử hàng hải thế giới.
Đến tháng 4/2008, các thợ săn kim cương của Công ty Namdeb Diamond đã vô tình tìm thấy dấu vết của gỗ, kim loại dưới lớp cát dày của sa mạc Namibia. Ngay lập tức, họ gọi cho Dieter Noli – một nhà khoa học Nam Phi.
Tiến sĩ Noli cho biết sa mạc Namibia từng là một đường bờ biển thường xuyên có bão lớn. Vì vậy, việc tìm thấy một con tàu đắm giữa sa mạc Namibia không phải là chuyện quá khó tin.
Sau một tuần khai quật xác tàu, các nhà khảo cổ học đã tìm thấy một kho báu chất đầy tiền vàng. Dấu vết trên những đồng tiền này cho thấy chúng được chở trên một con tàu Bồ Đào Nha biến mất năm 1533. Từ đó, các nhà khảo cổ học mới nhận ra đây không phải là một con tàu bình thường, mà chính là The Bom Jesus.
Có tới 11kg tiền xu vàng đã được tìm thấy chỉ sau 45 phút khai quật đầu tiên. Những đồng xu này được sản xuất vào khoảng năm 1525 – 1538 và được bảo quản một cách hoàn hảo.
Khi tiếp tục khai quật, các nhà khảo cổ còn tìm thấy bát đồng, hàng tấn đồng thỏi, hơn 50 chiếc ngà voi, la bàn, kiếm, công cụ thiên văn, xu bạc và những ống trụ bằng kim loại dài, nghi là súng hỏa mai 500 tuổi.
Tổng cộng, có 5.438 hiện vật có giá trị đã được tìm thấy ở khu vực con tàu The Bom Jesus đắm, trong đó có 2.000 đồng tiền vàng.
