Nghị định bao gồm 20 điều quy định các nội dung mà Luật đã giao Chính phủ hướng dẫn; trong đó hướng dẫn một số nội dung về hệ thống cơ sở GDĐH. Cụ thể:
* Về phát triển trường đại học thành đại học
Điều kiện để chuyển trường đại học thành đại học, gồm: đã được công nhận đạt chuẩn chất lượng cơ sở giáo dục đại học; có ít nhất 3 trường thuộc trường đại học được thành lập; có ít nhất 10 ngành đào tạo đến trình độ tiến sĩ; có quy mô đào tạo chính quy trên 15.000 người; có ý kiến chấp thuận của cơ quan quản lý trực tiếp đối với trường đại học công lập; có sự đồng thuận của các nhà đầu tư đại diện ít nhất 75% tổng số vốn góp đối với trường đại học tư thục, trường đại học tư thục hoạt động không vì lợi nhuận.
* Về liên kết trường đại học thành đại học
Điều kiện để các trường đại học liên kết thành đại học, gồm: Có ít nhất 3 trường đại học cùng loại hình đồng thuận liên kết; đã thống nhất dự thảo quy chế tổ chức và hoạt động của đại học; có ý kiến chấp thuận của cơ quan quản lý trực tiếp trường đại học công lập hoặc có sự đồng thuận của các nhà đầu tư đại diện ít nhất 75% tổng số vốn góp tại mỗi trường đại học tư thục, trường đại học tư thục hoạt động không vì lợi nhuận.
* Về thành lập trường chuyên ngành trong cơ sở GDĐH
Luật đã quy định cơ cấu tổ chức của mỗi cơ sở GDĐH gồm có khoa, phòng; trường chuyên ngành, viện (nếu có) và một số đơn vị cần thiết khác phục vụ cho hoạt động đào tạo, khoa học và công nghệ…
Nghị định đã hướng dẫn điều kiện để thành lập các trường chuyên ngành trong mỗi cơ sở GDĐH, vừa bảo đảm tính ổn định của hệ thống, kế thừa các quy định của Luật hiện hành, vừa tạo hành lang pháp lý thuận lợi cho việc mở rộng, phát triển và tăng cường quyền tự chủ cho các cơ sở GDĐH phù hợp thực tiễn và tiệm cận với xu hướng chung của thế giới.
Theo đó, Điều kiện thành lập trường chuyên ngành: Có ít nhất 5 ngành thuộc cùng một lĩnh vực đào tạo từ trình độ đại học trở lên, trong đó có ít nhất 3 ngành đào tạo trình độ thạc sĩ, ít nhất 1 ngành đào tạo đến trình độ tiến sĩ; có quy mô đào tạo chính quy từ 2.000 người trở lên; có quy định về chức năng, nhiệm vụ, tổ chức bộ máy của trường thuộc cơ sở giáo dục đại học.
Trường hợp thành lập trường chỉ để đào tạo các chương trình theo định hướng ứng dụng thì không cần điều kiện đào tạo đến trình độ thạc sĩ, tiến sĩ. Trường hợp thành lập trường có quy mô đào tạo chính quy nhỏ hơn 2.000 hoặc có số ngành thuộc cùng một lĩnh vực đào tạo trình độ đại học, trình độ thạc sĩ ít hơn quy định này thì phải có sự đồng ý của Bộ trưởng Bộ GD&ĐT, căn cứ vào tính đặc thù của lĩnh vực hoặc trình độ đào tạo.
* Về cơ sở GDĐH định hướng nghiên cứu.
Nghị định đã quy định các tiêu chí để cơ sở GDĐH được công nhận là cơ sở GDĐH định hướng nghiên cứu gồm:
Đã công bố định hướng phát triển thành cơ sở GDĐH nghiên cứu trong sứ mạng, tầm nhìn và mục tiêu của cơ sở GDĐH; được công nhận đạt chuẩn kiểm định chất lượng giáo dục;
Có đơn vị thuộc, trực thuộc nghiên cứu khoa học cơ bản, nghiên cứu phát triển công nghệ nguồn; có tỷ lệ ngành đang đào tạo trình độ thạc sĩ, tiến sĩ đạt từ 50% trở lên so với tổng số ngành đang đào tạo; trong 3 năm, có quy mô tuyển sinh thạc sĩ, tiến sĩ trung bình không thấp hơn 20% tổng quy mô tuyển sinh và cấp trung bình từ 20 bằng tiến sĩ trở lên trong một năm;
Trong 3 năm gần nhất, tỷ trọng nguồn thu trung bình từ các hoạt động khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo, nghiên cứu, chuyển giao không thấp hơn 15% tổng thu của cơ sở GDĐH;
Trong 3 năm gần nhất, cơ sở GDĐH công bố trung bình mỗi năm từ 100 bài báo trở lên và đạt tỷ lệ trung bình một giảng viên cơ hữu công bố mỗi năm từ 0,3 bài trở lên trên các tạp chí khoa học có uy tín trên thế giới.
Tỷ lệ sinh viên trên giảng viên không quá 20; tỷ lệ giảng viên cơ hữu có trình độ tiến sĩ không thấp hơn 50% tổng số giảng viên cơ hữu của cơ sở GDĐH; tỷ lệ giảng viên có chức danh giáo sư, phó giáo sư không thấp hơn 20% tổng giảng viên cơ hữu có trình độ tiến sĩ của cơ sở GDĐH.
