Nghị định quy định đối tượng chịu phí bảo vệ môi trường là nước thải công nghiệp và nước thải sinh hoạt, trừ một số trường hợp được miễn phí.
Nghị định nêu rõ nước thải công nghiệp là nước thải từ: Cơ sở sản xuất, cơ sở chế biến nông sản, lâm sản, thủy sản; cơ sở sản xuất, cơ sở chế biến thực phẩm, rượu, bia, nước giải khát, thuốc lá; cơ sở chăn nuôi, giết mổ gia súc, gia cầm tập trung; cơ sở nuôi trồng thủy sản; cơ sở sản xuất thủ công nghiệp trong các làng nghề; cơ sở thuộc da, tái chế da; cơ sở khai thác, chế biến khoáng sản; cơ sở dệt, nhuộm, may mặc; cơ sở sản xuất giấy, bột giấy, nhựa, cao su; cơ sở sản xuất phân bón, hoá chất, dược phẩm, thuốc bảo vệ thực vật, vật liệu xây dựng, văn phòng phẩm, đồ gia dụng; cơ sở cơ khí, luyện kim, gia công kim loại, chế tạo máy và phụ tùng; cơ sở sản xuất linh kiện, thiết bị điện, điện tử; cơ sở sơ chế phế liệu, phá dỡ tàu cũ, vệ sinh súc rửa tàu; nhà máy cấp nước sạch; hệ thống xử lý nước thải tập trung khu công nghiệp; cơ sở sản xuất khác.
Nước thải sinh hoạt là nước thải từ: Hộ gia đình; cơ quan Nhà nước, đơn vị sự nghiệp, đơn vị vũ trang nhân dân (trừ các cơ sở sản xuất, cơ sở chế biến thuộc các đơn vị vũ trang nhân dân); trụ sở điều hành, chi nhánh, văn phòng của các tổ chức, cá nhân không gắn liền với địa điểm sản xuất, chế biến; cơ sở rửa ô tô, rửa xe máy, sửa chữa ô tô, sửa chữa xe máy; bệnh viện; phòng khám chữa bệnh; nhà hàng, khách sạn; cơ sở đào tạo, nghiên cứu; cơ sở kinh doanh, dịch vụ khác; các tổ chức, cá nhân và đối tượng khác có nước thải không được quy định là nước thải công nghiệp.
Nghị định quy định rõ mức phí bảo vệ môi trường đối với nước thải sinh hoạt là 10% trên giá bán của 1 m3 nước sạch chưa bao gồm thuế giá trị gia tăng.
Trường hợp cần thiết áp dụng mức thu cao hơn, Hội đồng Nhân dân cấp tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quyết định mức cụ thể phù hợp với tình hình thực tế tại địa phương.
Đối với nước thải sinh hoạt thải ra từ các tổ chức, hộ gia đình tự khai thác nước để sử dụng (trừ hộ gia đình thuộc trường hợp được miễn phí) thì mức phí được xác định theo từng người sử dụng nước căn cứ vào số lượng nước sử dụng bình quân của một người trong xã, phường, thị trấn nơi khai thác và giá bán 1 m3 nước sạch trung bình tại xã, phường, thị trấn.
Theo Nghị định, Sở Tài nguyên và Môi trường sẽ chịu trách nhiệm thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp. Căn cứ vào yêu cầu thu phí của mỗi địa phương và khả năng quản lý của cơ quan tài nguyên môi trường cấp huyện, Sở Tài nguyên và Môi trường có thể báo cáo UBND cấp tỉnh để phân cấp cho Phòng Tài nguyên và Môi trường cấp huyện thực hiện việc thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp trên địa bàn.
Bên cạnh đó, đơn vị cung cấp nước sạch thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải sinh hoạt của các tổ chức, cá nhân sử dụng nước sạch.
UBND xã, phường, thị trấn thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải sinh hoạt của các tổ chức, cá nhân, hộ gia đình tự khai thác nước để sử dụng.