PGS.TS Nguyễn Kim Sơn sinh năm 1966 tại xã Tân Trào, huyện Kiến Thụy, thành phố Hải Phòng. Vào Đảng Cộng sản Việt Nam năm 2000. Nhận bằng cử nhân Ngữ văn năm 1990 tại Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội (nay là Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn – ĐHQGHN); Tiến sĩ ngành Văn học Việt Nam năm 1996; nghiên cứu sau tiến sĩ về Tư tưởng Nho giáo ở Việt Nam tại Đại học Harvard, Hoa Kỳ (2007-2008). Được bổ nhiệm chức danh Phó giáo sư năm 2005.
Hiện nay, Giám đốc Nguyễn Kim Sơn là Ủy viên Hội đồng biên soạn Nho tạng thế giới; Ủy viên Hội đồng biên tập Tạp chí Taiwan Journal of East Asian Studies (Đài Loan); Ủy viên Ban Điều hành Hiệp hội Nghiên cứu Nho giáo thế giới.
Một số chức vụ lãnh đạo, quản lý đã qua:
- Tháng 4/1991 đến tháng 2/1999: Cán bộ giảng dạy Khoa Ngữ văn;
- Tháng 03/1999 đến 3/2002: Cán bộ giảng dạy Khoa Văn học; Bí thư Đoàn TNCSHCM - Trường ĐH Khoa học Xã hội và Nhân văn, ĐHQGHN;
- Tháng 4/2002 đến tháng 3/2003: Phó Giám đốc Trung tâm Nghiên cứu Trung Quốc Trường ĐH Khoa học Xã hội và Nhân văn, ĐHQGHN;
- Tháng 4/2003 đến tháng 4/2006: Trưởng Phòng Đào tạo kiêm Phó Giám đốc Trung tâm Nghiên cứu Trung Quốc, Trường ĐH Khoa học Xã hội và Nhân văn, ĐHQGHN;
- Tháng 5/2006 đến tháng 5/2007: Trưởng Phòng Đào tạo kiêm Giám đốc Trung tâm Nghiên cứu Trung Quốc, Trường ĐH Khoa học Xã hội và Nhân văn, ĐHQGHN;
- Tháng 11/2009 đến tháng 5/2010: Phó Hiệu trưởng, Phó Bí thư Đảng ủy Trường ĐH Khoa học Xã hội và Nhân văn, ĐHQGHN kiêm Giám đốc Trung tâm Nghiên cứu Trung Quốc;
- Tháng 1/2012 đến tháng 2/2016: Phó Bí thư Đảng ủy, Phó Giám đốc ĐHQGHN;
- Tháng 2/2016 đến nay: Phó Bí thư Thường trực Đảng ủy, Phó Giám đốc Thường trực ĐHQGHN.
