Trong cuộc họp của Ủy ban Tình báo Hạ viện, khi một nghị sĩ Dân chủ “chọc” ông Calpper rằng sẽ có việc làm trong vòng 4 năm tới, ông đáp:
“Tôi gửi đơn từ chức vào tối qua và cảm thấy khá ổn. Tôi còn 64 ngày làm việc nữa và đó sẽ là những chuỗi ngày không dễ dàng đâu”. Trong đơn từ chức, ông Clapper nói rằng hơn 50 năm cống hiến như vậy là đủ rồi.
Với ông Clapper, trong hơn 50 năm ông phục vụ trong ngành quân đội và tình báo, ông “chưa bao giờ ông thấy Mỹ phải đối diện với nhiều thách thức to lớn như hiện nay”.
Ông đưa ra những thách thức đặt ra từ một số quốc gia như Nga, Trung Quốc, Triều Tiên, Iran cũng như đề cập tới các mối đe dọa xuyên quốc gia như khủng bố, phổ biến vũ khí hủy diệt hàng loạt .
Đơn từ chức của ông Clapper đến trong bối cảnh tổng thống đắc cử Donald Trump đang thảo luận về nội các.
Với những nhân viên trong ngành an ninh, họ không ngạc nhiên trước quyết định của ông Clapper vì từ nhiều tháng qua, ông này thường nói với thuộc cấp rằng ông đếm từng ngày cho đến khi nghỉ việc.
Cơ quan của ông Calpper còn cho biết việc từ nhiệm có giá trị kể từ giữa trưa 20/1/2017, đúng vào ngày Tổng thống đắc cử Donald Trump chính thức nhận nhiệm vụ từ ông Barack Obama. Năm ngoái, ông Clapper cũng nói rằng ông sẽ ra đi sau khi nhiệm kỳ của Tổng thống Barack Obama kết thúc.
Ông Clapper tuyên thệ nhậm chức Giám đốc CIA vào tháng 8/2010. Trong thời gian là giám đốc, ông nhiều lần được yêu cầu bảo vệ vị trí của Cơ quan An ninh Quốc gia (NSA) sau khi chương trình do thám công dân Mỹ của cơ quan này bị nhân viên tình báo Edward Snowden tiết lộ.
Khi bị chất vấn về chuyện Giám đốc Cục Điều tra Liên bang Mỹ (FBI) James Comey thông báo có tin tức mới về bê bối thư điện tử của ứng cử viên tổng thống Hillary Clinton vào thời điểm bầu cử sắp diễn ra, ông Clapper đáp:
“Tôi không có lý do gì hạch hỏi ông Comey cả. Tôi vẫn luôn kính trọng ông ấy nên bất cứ hành động nào của ông ấy làm, tôi đều không hỏi han chi”.