Theo tờ trình của Sở GD&ĐT Bắc Ninh, thí sinh các trường THPT trên địa bàn sẽ thi 4 môn, gồm 3 môn bắt buộc là Ngữ văn, Toán, Tiếng Anh và 1 môn tự chọn trong các môn Lý, Hóa, Sinh, Sử, Địa);
Đối với các trung tâm giáo dục thường xuyên, các trường chuyên nghiệp có lớp 12 giáo dục phổ thông: Thi 4 môn, gồm 2 môn bắt buộc là Ngữ văn, Toán và 2 môn tự chọn trong các môn Lý, Hóa, Sinh, Sử, Địa.
Kỳ thi THPT quốc gia 2016, Bắc Ninh tổ chức 2 hội đồng thi: Hội đồng thi tốt nghiệp do Sở GD&ĐT Bắc Ninh chủ trì, phối hợp với Trường CĐ Thống kê tổ chức;
Hội đồng thi ĐH do Trường ĐH Giao thông vận tải chủ trì, phối hợp với Trường CĐSP Bắc Ninh tổ chức.
Sở GD&ĐT thành lập Ban chấm thi THPT quốc gia, chấm thi cho cụm thi tốt nghiệp, dự kiến thành lập tại Trường THPT chuyên Bắc Ninh. Trường ĐH Giao thông vận tải thành lập Ban chấm thi THPT quốc gia chấm thi cho cụm ĐH.
Thời gian hoàn thành xét công nhận tốt nghiệp THPT và công bố kết quả tốt nghiệp THPT trước ngày 25/7/2016.
Được biết, hiện nay, Bắc Ninh có 13.324 học sinh đang học lớp 12 (tính đến tháng 5/2016); dự kiến thí sinh tự do đăng ký dự thi là 700; dự kiến tổng số đăng ký dự thi là 14.000 thí sinh.